Департамент по учебно-методической работе является структурным подразделением университета, координирующим деятельность факультетов и кафедр по совершенствованию методологического, научно-методического и учебно-методического содержания образования, разработке и внедрению нормативных положений, обобщению и распространению передового опыта по обучению студентов.
    В разные годы Учебно-методическим центром руководили доценты С.Н. Дильмагамбетов, М.А. Жумангарин профессор Б.Т. Тусупкалиев. Руководителями отделов, методистами работали профессора Б.И. Баспаев, В.П. Векленко, доценты А.Г. Беккужин, Р.Е. Егембердиева, Д.С. Дильмагамбетов, Г.В. Векленко, Л.Н. Власова, А.Н. Жексенова, С.С. Курмангалиева, Г.К. Джаканова, Г.А. Темирова., Г.А. Мутигулина, А.Ж. Досимов, Г.А. Батырова, У.Ж. Бишенова, Г.И. Исаев, А.И. Беккужина, Н.Б. Полупанова, В.А. Волкова, С.М. Губайдуллина, Б.И. Шамши, А.Н. Волков, А.Т. Турапин, Л.Г. Памурзин, Г.Б. Ахметгалиев, М.А. Артыкбаева, А.А. Бурхард, С.Ю. Шиканова.
    С 2007 по 2013 гг. УМЦ руководила педиатр высшей квалификационной категории, отличник здравоохранения, доцент, к.м.н. С.В. Ким. С 2013 по 2017 гг. руководителем являлся к.м.н., доцент Д.С. Дильмагамбетов.
    С 2017 года Департамент по учебно-методической работы руководит и.о. доцента, к.м.н. Курмангалиева С.С.